從一定程度來說，二次開發也是MES系統上線的目的之一。MES系統的固化一旦成了僵化，就會成為生產制造的阻礙，這就需要進行二次開發。MES系統需要再次通過客戶化、功能增強、功能修改、本地化和接口去滿足客戶特定要求。固化而不僵化，唯有將系統的定義置于靈活的需求制導引擎中，不僅開發階段如此，維護階段也是如此。用得好的，就保留、加強，用得不好的，就去除、完善。
 
       不管是哪里的生產商，在引進MES前，生產企業必須做一些前期準備工作，包括介紹當前狀況、當前工作流程的可行性調研。此外，企業還必須定義引進MES系統的目標。直到已經設定經濟導向基礎，相關的每位員工均已接受，才可以定制方案、選擇功能并規定具體的需求。
 
       很多企業在對MES產品和實施商選型的時候，主要考量點是需要一套成熟的、開箱即用的MES系統軟件以及具備相關行業豐富經驗的實施團隊，并且要求能快速地進行布署，爭取在投產時就能系統地進行生產管理和追溯，讓管理人員能根據直觀的報表指標指導進行生產管理，實現制品狀態、投入產出和計劃達成率的可視化。然而，由于急于求成卻往往忽視了實際需求以及對后期的考量。
 
       從廠商的角度來看，由于MES系統功能越來越大，MES系統軟件功能需要不斷升級T升，一旦用戶有新的需求，廠商需要重新去定義開發，牽一發而動全身。因此廠商為了適應客戶需求，需要將MES系統各個模塊分開定義，把一些核心的、穩定的功能沉淀在MES平臺上，而把敏捷的功能一旦客戶有新的模塊需求，廠商只需將該模塊添加即可，用戶可以自主選擇合適的功能
 
       從用戶角度來說，隨著企業的發展，用戶需求越來越多，交付要求越來越快，而現有的功能遠遠不能滿足現有的生產要求，隨即二次開發不可避免。