1. 數據采集和數據處理的復雜性：醫藥生產涉及到多種工藝和流程，需要對多個環節進行數據采集和處理，而且這些數據可能來自不同的設備和軟件系統，需要進行數據整合和分析。

2. 系統集成的難度：醫藥生產涉及到多個系統之間的交互，需要進行系統集成，但是不同的系統之間通常使用的是不同的通信協議和數據格式，需要進行復雜的技術調試和協調。

3. 設備接口的標準化問題：不同的設備之間可能使用不同的接口和通訊協議，導致系統集成和數據采集的難度增加。

針對這些問題，我們可以采取以下解決方案：

1. 選用合適的MES系統：選擇能夠滿足醫藥生產所需數據采集和處理、系統集成等需求的MES系統，建立起完整的生產信息管理平臺。

2. 標準化設備接口：對醫藥生產中的設備接口進行標準化，使得各個設備能夠進行無縫對接，避免數據采集和系統集成的問題。

3. 建立數據倉庫：建立一個能夠集中存儲醫藥生產數據的數據倉庫，方便后續的數據處理和分析。

4. 進行專業培訓：開展針對MES系統的專業培訓，提高工作人員的技術水平和MES系統的使用效率。

5. 采用云計算技術：利用云計算技術進行數據存儲和處理，提高數據處理效率和系統穩定性。